Class ForceField

    • Constructor Detail

      • ForceField

        public ForceField()
    • Method Detail

      • clear

        public abstract void clear()
      • setModelFields

        protected void setModelFields()
      • setConstraints

        public void setConstraints​(Minimizer m)
      • steepestDescentInitialize

        public void steepestDescentInitialize​(int stepMax,
                                              double criterion,
                                              double trustRadius)
      • clearForces

        private void clearForces()
      • steepestDescentTakeNSteps

        public boolean steepestDescentTakeNSteps​(int n)
      • getEnergies

        private double getEnergies​(int terms,
                                   boolean gradients)
        Get the energy of a given type or types. Note: gradients is always false
        Parameters:
        terms -
        gradients - ignored (false)
        Returns:
        energy
      • setForcesUsingNumericalDerivative

        private void setForcesUsingNumericalDerivative​(MinAtom atom,
                                                       int terms)
      • getDE

        private double getDE​(MinAtom atom,
                             int terms,
                             int i,
                             double delta)
      • energyFull

        public double energyFull​(boolean gradients,
                                 boolean isSilent)
      • energyStretchBend

        double energyStretchBend​(boolean gradients)
        Parameters:
        gradients -
        Returns:
        energy
      • energyBond

        double energyBond​(boolean gradients)
      • energyAngle

        double energyAngle​(boolean gradients)
      • energyTorsion

        double energyTorsion​(boolean gradients)
      • energyOOP

        double energyOOP​(boolean gradients)
      • energyVDW

        double energyVDW​(boolean gradients)
      • energyES

        double energyES​(boolean gradients)
      • linearSearch

        private void linearSearch()
      • saveCoordinates

        private void saveCoordinates()
      • restoreCoordinates

        private void restoreCoordinates()
      • detectExplosion

        public boolean detectExplosion()
      • getCurrentStep

        public int getCurrentStep()
      • getEnergy

        public double getEnergy()
      • getAtomList

        public java.lang.String getAtomList​(java.lang.String title)
      • getEnergyDiff

        public double getEnergyDiff()
      • getLogData

        public java.lang.String getLogData()
      • getNormalizedDE

        double getNormalizedDE()
      • toUserUnits

        public float toUserUnits​(double energy)
      • toUnits

        private float toUnits​(double energy,
                              java.lang.String units)
      • log

        public void log​(java.lang.String s)
      • getBufferedReader

        protected java.io.BufferedReader getBufferedReader​(java.lang.String resourceName)
                                                    throws java.io.IOException
        Throws:
        java.io.IOException